中國將於「十一五」期間加大對水運公用基礎設施建設投資力度，使到2010年，沿海港口新增通過能力21億噸，為「十五」期間港口通過能力的80%。
新華社的報道稱，交通部副部長徐祖遠近日在全國水運建設工作會議上說，根據交通部的規劃，到2010年，中國沿海港口將新增深水泊位639個，港口適應度接近1:1；全國內河將新增港口泊位340個，新增吞吐能力6,400萬噸，增加三級以上航道2,000公里，增加四級航道1,800公里，內河高等級航道總里程力爭突破10,000公里。
在過去的「十五」期間，中國沿海港口建設共完成投資1,323億元，相繼建成投產集裝箱、原油、礦石、煤炭等專業化泊位673個，新增港口吞吐能力10.67億噸。同時，全國內河水運建設共完成投資326億元，新增港口吞吐能力3,188萬噸,改善航道里程4,146公里。
徐祖遠表示，「十一五」期間國家水運建設的重點方向如下：
一是加快煤、油、礦、箱四大貨種專業化碼頭建設。重點建設和改造秦皇島港、天津港、唐山港等煤炭碼頭，大連港、青島港、湛江港、欽州港等20萬噸級以上原油接卸碼頭，營口港、天津港、唐山港、連雲港等20萬噸級以上礦石碼頭，上海國際航運中心洋山深水港區、深圳港、寧波港、廈門港、廣州港等集裝箱幹線港。重點建設長江口深水航道治理三期工程，實施12.5米水深向上延伸工程；加快廣州港、深圳港、防城港等主要港口出海航道的建設。
二是大力推進以長江黃金水道為重點的內河水運建設，健全交通部和沿長江七省二市水運發展協調機制，加大《長江幹線航道發展規劃》實施力度。啟動京杭運河江南段按三級航道標準建設工程，落實排堵應急預案各項措施；推進長江三角洲、珠江三角洲高等級航道網建設；積極推進航道管理體制改革，加強航道管理和維護，嚴格審批跨河、攔河、臨河建築物通航淨空尺度。
三是進一步加強水上安全和救助系統建設，基本完成渤海灣、長江口（含寧波舟山水域）、台灣海峽、珠江口、瓊州海峽和長江幹線六大水域的支持系統建設；加強水路交通信息系統建設，重點建設交通電子口岸。