深圳蛇口海關在遷址的首個周末由於報關量大增，而一度出現混亂，但在採取了相關應急措施後，報關秩序已恢復正常。

據蛇口集裝箱碼頭（SCT）表示，蛇口海關於1月21日搬遷至前海灣「海運中心」以後，為了維護遞單秩序，同時方便客戶的查詢，採取了「排隊叫號」的做法。然而在搬遷的首個周末出現報關單量大增的情況，「一號一單」排號報關形式的弊端立即顯現，出現了擁擠情況。
SCT的新聞公告引述媒體報道說，為儘早取號，兩三百名報關員在1月27日早上海關開門前已到達海關大樓門外等候，並出現擁擠狀況，海關方面擔心開門後會出現踩傷人事件，被迫報警求助，疏散人群。
新聞公告說，事件發生後，蛇口海關方面已立即採取應急措施，暫停「排隊叫號」的做法，同時召集所有休息關員回來加班，19個窗口全部開啟，使所有報關單於當天全部處理完畢。
新聞公告說，目前海運中心蛇口海關報關大廳秩序正常，通關效率明顯有所提高。同時，蛇口海關正在對「排隊叫號」系統做進一步的探討調研，以進行最終的優化調整。